Logiciels d'analyse de données et recherche académique : Faisons le point sur vos besoins !
Vous produisez ou avez produit d’abondantes données expérimentales de biologie, notamment par des approches « omiques » ?
Vous devez interpréter biologiquement ces données et cela nécessite l’utilisation de logiciels bioinformatiques perfectionnés ?
Vous souhaitez acheter une ou plusieurs licences logicielles spécifiques ?
Votre budget de recherche est serré ?

Alors cette enquête vous concerne !
Connaissez- vous le réseau RULBI ?
Le RULBI (Réseau des Utilisateurs de Logiciels de Bioinformatique) agit depuis 2009 à l’interface entre les biologistes, les bioinformaticiens et les éditeurs des logiciels d’analyse.
MISSIONS
Faciliter l’accès pour tous les laboratoires de recherche académique aux logiciels payants d’analyse de données de biologie, en assurant :
(1) la négociation de remises sur les prix des licences au niveau national
(2) la mutualisation des licences dans l’optique d’une utilisation rationnelle et plus économique
POURQUOI CETTE ENQUETE ?
Le pouvoir de négociation du RULBI dépend directement du nombre de licences achetées annuellement, par son intermédiaire, auprès de chaque éditeur. Aussi, afin de renforcer la portée de notre action, nous souhaitons aujourd’hui recenser vos pratiques et vos besoins en matière de logiciels bioinformatiques, dans le cadre de vos activités de recherche, afin de dresser un état des lieux au niveau national.
OBJECTIFS DE L’ENQUETE
Les informations recueillies grâce à cette enquête seront transmises aux tutelles des différents organismes de recherche publique, et serviront de base de travail au RULBI pour solliciter leur soutien par la création d'une structure inter-EPST chargée de centraliser les demandes et de négocier les prix. La mise en place d’une telle structure de mutualisation pourra concerner l'ensemble des logiciels payants nécessaires aux équipes de recherche dans de nombreux domaines d’application : bioinformatique, biostatistiques, cytométrie, imagerie, spectrométrie de masse, etc…  

Nous espérons ainsi contribuer à une meilleure maîtrise des dépenses des équipes de recherche pour ce type de produits, en tenant compte des contraintes pesant sur les dotations de recherche, tout en ouvrant plus largement l’accès des laboratoires, quelle que soit leur taille, à un choix d’outils d'analyse répondant à leurs besoins.

Une synthèse anonymisée des résultats de cette enquête sera également disponible sur le site du RULBI et vous donnera un aperçu général des pratiques et attentes de vos collègues chercheurs en matière de logiciels d’analyse de données de biologie.

Pour toute information complémentaire, commentaire ou suggestion, n’hésitez pas à nous contacter à l’adresse suivante : rulbibioinfo@gmail.com

Merci par avance pour votre participation.

Date limite le 15 avril 2015

Le RULBI
ENQUETE
Unité / Laboratoire,  Adresse *
Code Département (ex : Seine : 75) *
Organisme(s) de rattachement de l'Unité *
Required
Nom Prénom *
Cette information restera confidentielle mais nous permettra de vous recontacter pour vous informer et/ou vous faire bénéficier de notre action
Adresse mail du contact/référent
Cette information restera confidentielle mais nous permettra de vous recontacter pour vous informer et/ou vous faire bénéficier de notre action.
Etes-vous ? *
Required
Dans quel domaine travaillez-vous ? *
Required
Quels types de données générez-vous ? *
Required
Comment analysez-vous vos données ? *
Required
Avez-vous des compétences en langage de programmation ? *
De quelle type d'infrastructure disposez-vous ? *
Required
Avez vous besoin de logiciels sous licence pour analyser vos données ? *
Utilisez-vous ou avez vous déjà utilisé des  logiciels d'analyse de données biologiques payants ? *
Nous considérons dans cette question tout logiciel sous licence permettant l'analyse de données  biologiques (bioinformatique, statistique, imagerie, cytometrie flux...)
Nombre d'utilisateurs actuels dans votre unité *
Indiquez le nombre d'utilisateurs réguliers (vous compris)
10 et +
Estimation du nombre d'utilisateurs pour votre unité *
Indiquez le nombre d'utilisateurs potentiellement intéressés
Required
Quels logiciels payants utilisez-vous ou voudriez-vous utiliser pour les OMICs  ? *
Required
Quels logiciels libres utilisez-vous pour les OMICs ? *
Required
Utilisez-vous des outils de fouille de textes pour faire votre bibliographie ? *
Pubmed est un moteur de recherche dans la bibliographie. A partir de mots clés il fournit une liste d'articles parmi lesquels vous devez faire votre propre sélection. Un logiciel de fouille de textes extrait des phrases dans lesquelles sont relatés des faits. Il permet ainsi de simplifier le travail bibliographique. (Exemple de logiciels de fouille de textes Agilent-litterature ou iHOP ou  Coremine (gratuits) Medscan/PathwayStudio-Elsevier ou Littinspector-Genomatix ou IPA-Qiagen (payants).
Required
Quels logiciels payants utilisez vous pour les statistiques   ? *
Required
Quels logiciels libres  utilisez vous pour les statistiques ? *
Quels logiciels payants utilisez vous  pour l'Imagerie ou le  FACs? *
Required
Quels logiciels libres utilisez vous pour l'Imagerie ou FACs ? *
Required
Quels logiciels payants utilisez vous pour la modélisation moléculaire ? *
Required
Quels logiciels libres utilisez vous pour la modélisation moléculaire  ? *
Required
Création d'une structure nationale labellisée inter-EPST de négociation tarifaire *
Voyez-vous un intérêt à la transformation du RULBI en une structure nationale officiellement labellisée et inter-EPST qui pourrait prendre en charge l'ensemble des négociations de prix et la centralisation/gestion et la gestion du partage des licences ?
Seriez-vous prêt à y participer ? *
Seriez-vous intéressé pour y adhérer  (gratuite) ? *
Suggestions ou commentaires ou complément
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